Cu toate acestea, a fost afectat de un cutremur puternic în 1443, iar ulterior a fost restaurat în timpul domniei lui Ioan de Hunedoara. În secolul al XVI-lea, castelul a fost supus unor lucrări de fortificare realizate de arhitecți militari italieni, care au adăugat bastioane în colțurile de sud-est și sud-vest ale clădirii. A fost bombardat de mai multe ori în timpul asediilor din acea perioadă, dar a fost mereu reconstruit și a devenit sediul pașei și al aparatului administrativ și militar al Eyaletului de Timișoara.
De-a lungul istoriei sale, castelul a trecut prin numeroase etape de renovare și reconstrucție, suferind daune în timpul asediilor și războaielor. În 1856, lucrările de reconstrucție au fost finalizate, dându-i castelului forma sa actuală. Începând cu anul 1948, Castelul Huniade a devenit sediul prestigios al Muzeului Banatului. În această nouă etapă, castelul a fost restaurat și adăpostește acum colecții valoroase și expoziții care ilustrează istoria și cultura regiunii Banat.
Astăzi, Castelul Huniade se află în renovare. Cu arhitectura sa impunătoare și atmosfera sa încărcată de istorie, castelul este un simbol al mândriei și frumuseții culturale a orașului Timișoara.